In der Leitwarte laufen alle Messinformationen zusammen. Von hier aus werden die einzelnen Sektoren und Verbinder, sowie die Heizungsvormischung und die Nährlösungsmischanlage gesteuert.

Im Sektor A befinden sich die Kabinen für Tischkulturen. Im Sektor B werden Kulturen im Grundbeet, im hydroponischen Anbauverfahren und im geschlossenen Kreislauf angebaut. Der Sektor C umfasst geschlossene Kabinen mit Tischen für Experimente unter S1 Bedingungen.

Für die Steuerung aller Funktionen in den 28 Kabinen der Experimentalanlage und der peripheren Prozessaufgaben (Steuerung der Verbinder, Vormischregelung, Nährstoffmischanlage, Wetterstation) wird ein lokales Netzwerk, bestehend aus 4 Rechnern eingesetzt.
Die Rechnerstruktur des Netzwerkes in der Leitwarte folgt der Anlagenstruktur. Die Anlage ist aufgeteilt in 3 Steuersektoren (Sektor A, B, C). Diese werden durch 3 autarke Sektorrechner geregelt. Dabei steuern die Sektorrechner das Klima und die Bewässerung der einzelnen Kabinen.
Ein vierter Rechner, der Servicerechner, überwacht die Sektorrechner und erfüllt zentrale Steuerungsaufgaben. So wird die Temperaturregelung der Verteilergänge übernommen, die Temperatur in den Heizkreisen gesteuert und die Mischung der Nährlösung vorgenommen. Auch die Daten der Wetterstation werden vom Servicerechner erfasst und an die Sektorrechner weitergegeben. Bei Bedarf löst der Servicerechner Alarmierungen durch Sirenensignale, Versenden von SMS oder Anruf mit Sprachausgabe aus.

In der Leitwarte befinden sich Module zur Ringkommunikation, Systemüberwachung und zum Alarmmanagement.